Organami szkoły są:
1) Dyrektor szkoły, który jest jednocześnie dyrektorem Zespołu Szkół Nr 2 im. Eugeniusza Kwiatkowskiego
2) Rada Pedagogiczna, której funkcję pełni wspólna Rada Pedagogiczna Zespołu Szkół nr 2 im. Eugeniusza Kwiatkowskiego w Dębicy
3) Rada Rodziców, której funkcję pełni wspólna Rada Rodziców Zespołu Szkół nr 2 im. Eugeniusza Kwiatkowskiego w Dębicy
4) Samorząd Uczniowski, którego funkcję pełni wspólny Samorząd Uczniowski Zespołu Szkół nr 2 im. Eugeniusza Kwiatkowskiego w Dębicy.
Kompetencje organów szkoły oraz zasady ich współdziałania regulują § 83 i § 84 Statutu Zespołu.
